Внешности обвинений не стоит придавать слишком большое значение, зато их действительный смысл несомненен. Боярство, сумевшее в данном случае вовлечь в свои планы царя, заявляло о намерении существенно усилить влияние государства в церковной жизни, одновременно сократив воздействие Церкви на светскую власть.

Никон хорошо понимал губительность подобных притязаний. В то же время он ясно сознавал, что открытое междоусобие, "силовое" сопротивление царской воле со стороны духовной власти может вызвать в России очередную смуту, результаты которой станут трагедией для всей Руси, подорвав многовековые корни, питающие религиозную основу русского бытия. После длительных молитвенных размышлений он выбрал единственно возможный для себя путь: незаконным притязаниям не подчиняться, в открытое противостояние не вступать; указывая на нетерпимость положения, рассчитывая на отрезвление и покаяние со стороны светской власти, оставить кафедру Московского первосвятителя и удалиться в подмосковный Воскресенский монастырь "Новый Иерусалим".

Отринув советы своих ближних бояр "престать от такового дерзновения и не гневать великого государя", патриарх утром 10 июля, после совершения литургии и произнесения положенного поучения из бесед Иоанна Златоуста, объявил вслух, что он оставляет патриаршию кафедру, поставил к Владимирской иконе Божией Матери патриарший посох и в ризнице написал письмо царю.

Смущенный царь желал успокоить Никона, но их примирение никак не входило в планы боярской верхушки. Посланный Алексеем кн. Трубецкой вовсе не имел расположения мирить патриарха с царем и вместо успокоительных речей обрушил на первосвятителя град упреков. Никон обличил посланника в недостойных интригах, переоблачился и пешком отправился из Кремля на Иверское подворье. Народ простосердечно плакал и держал двери храма, пытаясь предотвратить отшествие архипастыря. С подворья патриарх уехал в Воскресенскую обитель, откуда прислал благословение управлять делами церковными митр. Питириму Крутицкому, оставив за собой три монастыря, особенно близких и дорогих своему сердцу. Царю написал теплое, трогательное письмо, в котором смиренно просил о христианском прощении за свой скорый отъезд.

Бывали на Руси и раньше случаи оставления престола иерархами, но такого принародного ухода (и сохранения за собой патриаршего звания без управления делами) не случалось. Никон становился как бы живым укором для тех, кто настраивал царя против первосвятителя.

В своих монастырях патриарх устроил житие образцовое и благочинное. Всех странников и богомольцев приказывал поить и кормить по три дня даром, в монахи принимал безвкладно, всем давая платье за счет обители. В праздники всегда трапезовал с братией и сам лично омывал ноги всем богомольцам и заезжим путникам.

Впрочем, былая дружба с государем давала время от времени себя знать, пугая бояр возможностью возвращения Никона. Царь утвердил оставление за ним трех просимых монастырей с вотчинами, справлялся о его здоровье, во время набега крымского хана - заботился о безопасности. Извещая патриарха письмом о болезни боярина Морозова (свояка и бывшего воспитателя), попутно просил простить его, если была от него святейшему какая-либо "досада". Никон ответил сердечным письмо - казалось, отношения снова налаживаются.

Но надежде этой не суждено было сбыться. Интриги и злоречие приносили свои горькие плоды - несколькими взаимными резкостями патриарх и царь оборвали тонкую нить возрождающегося единомыслия окончательно. В 1662 в качестве последнего аргумента Никон пишет "Разорение" - обширное сочинение, насчитывающее более 900 стр. текста, в опровержение мнений своих противников и в защиту своей позиции.