После начала войны ЦУВС развернул в действующих фронтах и армиях полевые организации военных перевозок, свою огромную административную сеть и станции снабжения, получая помощь частей ПВО, железнодорожных войск НКО (до января 1942 года), военных пунктов продовольственного снабжения и дорожных контрольных постов. Однако война породила широкий спектр новых задач ЦУВС – таких, как расшивание западных железнодорожных колей под российский стандарт, организация перегрузочных и перевалочных станций и пунктов, организация противовоздушных поездов, лишенных собственных средств защиты.

Вдобавок, желая помочь железнодорожному транспорту, Политбюро ЦК ВКП(б) 30 июня приказало НКПС направить в действующие фронты особых представителей для координации их действий со своими организациями УВС. Хотя эти представители и подчинялись напрямую организациям НКПС, они помогали координировать восстановление, строительство и ремонт железнодорожных путей, а потому больше откликались на потребности командующих фронтами. НКПС также придал своим представителям при фронтах строительные организации для производства работ по ремонту и блокированию железнодорожных путей и оказанию помощи в эвакуации промышленных предприятий на восток.97И наконец, для улучшения положения с воздушным транспортом, ГКО 23 июня 1941 года подчинил Наркомату обороны Главное управление Гражданского воздушного флота или ГВФ[83] и его начальника, генерал-майора авиации Р. Н. Моргунова.98 Управление Моргунова перевело части транспортной авиации из Гражданского воздушного флота и реорганизовало их в отдельные авиагруппы и авиаотряды, подчиняющиеся Ставке, фронтам и флотам.99

Несмотря на теоретически достаточно четкое разделение ответственности за транспорт между НКО и Генштабом, а также на находящийся в их распоряжении огромный набор транспортных ресурсов, из-за их своей фрагментированности система транспортных сообщений Красной Армии в первые несколько недель войны действовала очень плохо. Например, мобилизация железнодорожных войск в начальный период войны проводилась исключительно хаотично. Хотя формально уже к концу июля они были укомплектованы, большинство железнодорожных частей на этот момент состояло лишь из неподготовленных новобранцев. Поэтому железнодорожные войска оказались не в состоянии осуществить имеющиеся планы разрушения железных дорог и понесли громадные потери во время стремительного наступления немцев.

Этот общий хаос в управлении транспортными войсками и огромные потери, понесенные железнодорожными и автодорожными службами в первый месяц войны, побудили ГКО предпринять серию мер, призванных исправить положение и улучшить управление. Например, 16 июля в составе УВС Генштаба было создано новое Главное автомобильно-дорожное управление (ГАДУ)[84] с генерал-майором 3. И. Кондратьевым в качестве начальника. Одновременно в действующих фронтах были сформированы автомобильно-дорожные отделы для руководства автомобильными подразделениями и частями в составе как самих фронтов, так и их армий.100

Через две недели, 1 августа 1941 года, ГКО создал пост начальника Тыла (Службы тыла) Красной Армии. Начальником Службы тыла РККА был назначен генерал-лейтенант интендантской службы А. В. Хрулев, а при нем в качестве основного рабочего органа сформировано Главное управление тыла Красной Армии (ГУТА КА). Одновременно ГКО реорганизовал ЦУВС Генштаба в новое Управление военных сообщений (УПВОСО), назначив его начальником вместо Ермолина военного инженера 1-го ранга И. В. Ковалева. И УПВОСО, и его бывшие управления военных сообщений (такие, как ГАДУ) были также подчинены Хрулеву. Благодаря этой реорганизации УПВОСО сделалось главным орудием Хрулева в деле координации военнотранспортных сообщений.