В 1840 году Пирогов занял кафедру в медико-хирургической академии и организовал учреждение госпитальных клиник для кончающих курс студентов и молодых врачей. Многочисленны были препятствия для деятельности Пирогова. Чтобы судить о них, достаточно сказать, что главный врач военно-сухопутного госпиталя «на настойчивые требования об улучшении гигиенических условий госпиталя и существовавших порядков относительно ухода, содержания и продовольствия больных, серьезно заподозрил Пирогова в помрачении его умственных способностей, о чем „конфиденциально“ и довел до сведения бывшего военного министра».

Учреждение анатомического театра при академии — тоже дело Пирогова; проект его не без жестокой борьбы был утвержден, и знаменитый хирург вывез из-за границы молодого прозектора — Грубера, который до сих пор работает на пользу науки, в академии.

Кто не знает деятельности Н. И. Пирогова в Севастополе? Но едва ли кто поверит, что, когда Пирогов «сам себя предложил к услугам осады, он только после значительных хлопот добился разрешения отправиться в Крым», и, главным образом, благодаря участию в этом деле покойной великой княгини Елены Павловны.

Порядки, которые нашел Пирогов на театре войны, приводили его в ужас. «Страшное это время! Его нельзя забыть до конца жизни!» — говорил Пирогов, понимая, что люди гибнут не столько от ран и болезней, сколько от недостатков администрации и от злоупотреблений. «О том, что мы не были приготовлены к войне — это уже теперь не государственная тайна, — писал в предисловии к своей „Общей военно-полевой хирургии“ Пирогов. — В декабре 1855 года дошло до того, что наших раненых и больных (число которых сильно увеличилось от эпидемии) нужно было отправлять при 20° Р за 400–500 и даже 700 верст. Я нашел многих из них, при моем осмотре военных лазаретов в зиму 1855 года, с отмороженными в транспорте ногами…» И далее: «Я никогда не забуду первого моего въезда в Севастополь. Это было в позднюю осень, в ноябре 1854 года. Вся дорога от Бахчисарая на протяжении 30 верст была загромождена транспортами раненых, орудий и фуража. Дождь лил как из ведра, больные и между ними ампутированные, лежали по́ двое и по́ трое на подводе, стонали и дрожали от сырости; и люди, и животные едва двигались в грязи по колено; падаль валялась на каждом шагу; из глубоких луж торчали раздувшиеся животы павших волов и лопались с треском; слышались в то же время и вопли раненых, и карканье хищных птиц, целыми стаями слетевшихся на добычу, и крики измученных погонщиков, и отдаленный гул севастопольских пушек. Поневоле приходилось задуматься о предстоявшей судьбе наших больных; предчувствие было неутешительно. Оно и сбылось».

Расстроенный неурядицей и массою злоупотреблений, встреченных им на театре войны, Пирогов после шестимесячного пребывания в Севастополе вернулся в Петербург, рассчитывая личным ходатайством изменить положение врачебного дела в Крыму, — но это ему не удалось, и он снова был командирован в Крым, откуда возвратился по окончании войны и снова занялся прерванными научными работами.