С февраля по март 1793 года революционная Франция объявила войну Британии, Голландии и Испании. В Бретани и Вандее разразилась гражданская война. На юге роялисты попытались захватить Марсель и заняли крупный морской порт Тулон. 29 августа к ним присоединились британские и испанские войска при поддержке военно-морского флота Великобритании. Бонапарт привлек к себе внимание, напечатав призыв к национальному единству – памфлет под названием «Ужин в Бокер» (Le Souper de Beaucaire). Кроме того, находясь в Валенсии, он занимался переоснащением и переподготовкой артиллерийской части. В минуту вдохновения военные комиссары в Париже решают послать Бонапарта в Тулон. Он прибывает туда 16 сентября и сразу же приступает к реорганизации артиллерии войск, осаждающих Тулон. Всего за несколько недель его решительность, профессионализм и изобретательность помогают ему возглавить операцию, хотя по возрасту и чину он младше, чем номинальное командование. В этой операции принимали участие и несколько будущих блестящих генералов: Мармон, Сюше, Жюно, Дезе, Виктор и другие. Но именно Бонапарт составил план штурма и 16 декабря лично возглавил его. Генерал дю Тей так рекомендовал его в письме в Париж: «У меня не хватит слов, чтобы описать достоинства Бонапарта: прекрасная теоретическая подготовка, такой же интеллект и, пожалуй, даже слишком много отваги». «Вы, министры, должны считать его одним из тех, кто приумножает славу республики», – добавил он. Безрассудство, с которым молодой человек, не прячась от пуль, участвовал в штурме Тулона, было отмечено обеими сторонами. Великий английский историк Г. М. Тревельян вспоминает: «Однажды, листая издание английских газет 1793 года, я наткнулся на следующий отчет: „Лейтенант Буонапарт был убит в недавних схватках под Тулоном“. Все, что я узнал с тех пор, – продолжает он, – только усугубило мое сожаление, что эта информация оказалась неточной». Бонапарт не только выжил, его тотчас повысили до бригадного генерала, минуя чин майора и полковника.

Именно с осады Тулона начался карьерный взлет Бонапарта. Теперь он стал известен. Но эта известность могла стать очень опасной. Революция жадно «пожирала» своих детей, даже великого Жоржа Дантона, чей девиз «Смелость, еще раз смелость, всегда смелость!» мог бы быть девизом самого Бонапарта. В эпоху террора Наполеон остался во Франции, занимался реорганизацией артиллерии в рамках подготовки к вторжению в Италию. Комиссар армии Огюстен де Робеспьер, младший брат Максимилиана, руководителя и вдохновителя террора, продвигал Бонапарта наверх, отмечая его «выдающиеся заслуги». Но Максимилиан Робеспьер не удержался у власти: 27 июля 1794 года его сместили с должности и вскоре отправили на гильотину. В Ницце, где в это время служил Бонапарт, его тотчас окрестили протеже Робеспьера и арестовали. Ему действительно впору благодарить звезды и провидение за свое спасение, поскольку многих тогда казнили и за меньшее. Но Франция в тот период захлебывалась в крови, и в сентябре Бонапарта без лишнего шума освободили из-под ареста.