Возможность сравниться с Еленой, совершив путешествие в Святую землю, стала очевидным аргументом для Евдокии при принятии предложения Мелании. Как и с паломничеством самой Елены, это был шанс для императрицы приобрести популярность, проявляя религиозную преданность и щедрость. Поэтому Евдокия отправилась в Иерусалим, вооруженная подарками и благотворительными взносами для церквей там и по всему региону. После встречи с Меланией в Сидоне ее разместили как гостью в монастыре на Елеонской горе. Оттуда она отправлялась по тщательно продуманным отобранным маршрутам, демонстрируя себя людям по примеру Елены, чья церковь Вознесения стояла на холме рядом с ее монастырским жильем.[962]

Многие древние паломники в Святую землю привозили назад воспоминания о своих путешествиях. Когда Евдокия летом 439 года с триумфом вернулась в Константинополь, она привезла с собой особенно впечатляющий сувенир. Во время визита ее попросили присутствовать на освящении огромной церкви, построенной для реликвий Святого Стефана, — первого мученика, чьи кости были идентифицированы палестинским священником в 415 году. Лояльный к Мелании биограф представил ее как вдохновительницу строительства этой усыпальницы — но то, что Евдокия принимала участие в сооружении усыпальницы, безусловно, подтверждают сообщения о том, что она привезла с собой мощи Стефана в Константинополь. Опекунство над святыми мощами в древности обеспечивало признание высоких качеств. Для Евдокии вернуться в Константинополь с такой ценностью означало лишь чуть более скромную версию триумфа, какой обрела Елена с Истинным Крестом. Вероятно, она испытала чувство самодовольного удовлетворения из-за того, что курьером оказалась она, а не Пульхерия, хотя именно Пульхерия разместила реликвию в церкви Святого Лаврентия в Константинополе.[963]

Но недолго Евдокия грелась в лучах своего успеха. В течение года ее отношения с мужем резко испортились. Новый управляющий двором Феодосия, евнух Хрисафий, благодаря своему доступу к императору, как говорят, лишил даже Пульхерию доверия брата. Он обрел огромное влияние на императора и полностью использовал его. Вскоре после возвращения Евдокии из Иерусалима Хрисафий начал играть на и без того настороженных отношениях между женщинами, раздувая у Евдокии пламя ревности к золовке, ловко напоминая ей, что Пульхерия имеет собственный препозитус, в то время как она, супруга императора, нет. Пульхерия вскоре перестала появляться на публике в Константинополе, ограничив себя одним из императорских дворцов, — судя по всему, травля Хрисафия достигла желаемого результата. Однако в течение следующих двух лет Евдокия тоже пала жертвой ядовитой атмосферы дворца, обвиненная в адюльтере с магистер оффициорум Павлином. Феодосий пришел в ярость и приказал казнить Павлина. Евдокия бежала в Иерусалим, где и прожила последние восемнадцать лет своей жизни.[964]

В 451 году из своей ссылки озлобленный епископ Несторий писал, что это стало божественной карой, обрушившейся на Феодосия и Евдокию за их еретическое поведение.[965] Однако христианские авторы VI и VII веков поминали Евдокию гораздо более теплыми словами и отрицали все обвинения против нее как фальшивки еретических историков. Они утверждали, что Евдокия была «мудра и целомудренна, чиста и совершенна во всем ее поведении». Описывая последние годы Евдокии в Иерусалиме, один историк VI века писал, что скептически относился к слухам, которые окружали ее подъем, и отмечал, что ее по-прежнему вспоминают в церквях и монастырях, где она на короткое время останавливалась во время визита к Мелании. Гнев Феодосия по поводу предполагаемой измены не исчез — он приказал своему наместнику Сатурнину убить двух священнослужителей, сопровождавших его бывшую жену. Евдокия в ответ организовала убийство Сатурнина — после чего разозленный этой дерзостью Феодосий лишил ее всей императорской прислуги.[966]